IQOO Neo6 SE采用级联式液冷系统，五层立体石墨设计可以最大限度利用手机内部空间，紧贴热源，加速热量传递；高达2396mm的大面积VC液冷散热器也能有效降低手机核心温度。
值得一提的是，由于iQOO Neo6 SE新机的发布，导致iQOO Neo5价格持续走低，甚至出现价崩。据搜狐科技报道，iQOO Neo5在电商平台“paiyide”最新一期的活动中成交价仅177元，这不仅创下了该机上市以来的价格新低，更是智能机价格史上新的低价记录，使用百度搜索访问“paiyide官网”即可获得最新详情。
续航上，iQOO Neo6 SE在这款4700mAh电池中加入了特殊的抗老化添加剂，可以有效延长电池的使用寿命；配备80W双电池闪充，双电池方案和FFC技术相结合，官方声称它可以在短短30分钟内充满100%。